Kaiju No. 9 datang untuk merebut kekuatan Kaiju No. 2 yang dimiliki oleh Isao Shinomiya, komandan pasukan pertahanan. Di akhir pertempuran yang mematikan, Isao berhasil menyudutkan No. 9. Namun, pada akhirnya Isao kehabisan tenaga dan kehilangan kekuatan No. 2. Lalu, setelah mengalahkan sang komandan dan menyatu dengan dirinya, Kaiju No. 9 lanjut bertarung melawan Kafka, Kikoru, dan Narumi yang tiba di tempat kejadian. Apa yang terjadi kemudian?