Kisah ini terjadi di masa depan yang tidak begitu jauh? Manusia kalah dalam pertempuran melawan virus misterius yang disebut, ?Gastrea?. Umat manusia hidup dalam keputusasaan sambil diselubungi rasa takut oleh sosok Gastrea. Di dunia yang seperti itu, hiduplah Rentaro Satomi?anggota ?Keamanan Sipil? yang dikhususkan untuk melawan Gastrea. Bersama partnernya, Enju Aihara, mereka berdua menjalani hidup dengan bertarung melawan virus tersebut. Hingga pada suatu hari, datanglah sebuah permintaan untuk menyelesaikan sebuah kasus tertentu yang berkaitan dengan Gastrea?