Di zaman Meiji, pemerintahan keshogunan berakhir dan Samurai dilarang membawa pedang. Banyak Samurai yang kehilangan status dan mata pencaharian sehingga keadaan menjadi kacau dan kejahatan merajalela. Tiga bersaudara dari Kuil Kumo bertugas mengawal para penjahat yang akan ditahan di penjara paling ditakuti yang terletak di tengah danau Biwa. Namun di balik itu, mereka mengemban tugas yang jauh lebih berat, yaitu membasmi Orochi, monster pembawa bencana yang bangkit setiap tiga ratus tahun sekali.